ТЮЗ был организован в 1920 году по инициативе народного комиссара Анатолия Луначарского. В этом же году был создан художественный комитет для работы над репертуаром и хозяйственной деятельностью театра. В то время театр носил название Первый государственный театр для детей. Первым показанным в 1920 году спектаклем был "Маугли". На тот момент зрительный зал вмещал 330 человек. С 1920 по 1922 год были поставлены "Соловей", "Детская", "Медведь и Паша", "Красочки". Несмотря на успех у зрителей, критики упрекали театр в несоответствии образовательным стандартам, в искусственной наивности, излишнем эстетизме. В 1923 году встал вопрос об объединении Государственного театра и Московского театра для детей, однако комиссия, исследовавшая театры, отклонила это предложение
В 1924-м был создан Московский театр юного зрителя под руководством Ольги Рудаковой, он был передвижным, играл в клубах, скверах, школах и ежегодно гастролировал по городам Советского Союза: за пять лет побывал в 54 городах и фабричных посёлках. В 1932 году театр получил помещение на улице Горького, 23.
В 1925 году Первый государственный театр для детей переименовали в Первый государственный педагогический, в 1931 году он получил статус Государственного Центрального театра юного зрителя (Госценттюз)[2]. В 1941 году решением Комитета по делам искусства коллективы обоих ТЮЗов были объединены в Московский театр юного зрителя (МТЮЗ)[7]. Из репертуара Госцентюза остался только спектакль "Свои люди — сочтёмся", возобновленный режиссёром Валентином Колесаевым.
В военные годы МТЮЗ работал в Татарии (Зеленодольск) и Муроме (Владимирская область). В 1943 году вернулся в Москву. В 1950 году МТЮЗ получил здание в Мамоновском переулке, в котором ранее работали Театр Петрушки, Театр теней, Детский театр Натальи Сац, Театр кукол Сергея Образцова.
В советское время целью театра было воспитание патриотизма в детях, поэтому репертуар был ограничен, ставили пьесы для детей и подростков: "Путь далёкий" (1929), "Первая любовь" (1940), "Двенадцать месяцев" (1947), "Последние" (1967) и другие.
1968 г. - поставлен один из первых мюзиклов в СССР "Мой брат играет на кларнете"
1970 г. - театр награждён орденом Трудового Красного Знамени,
1973 г. - поставлен уникальный мюзикл "Три мушкетера" (постановка А. Товстоногова, автор пьесы и режиссер Марк Розовский, музыка Максима Дунаевского, стихи Юрия Ряшенцева)
1980 г. - театр награждён Премией Ленинского комсомола
В 1987 году театр под руководством Генриетты Яновской поставил спектакль "Собачье сердце", который принес МТЮЗу известность за рубежом и был показан в Европе, Турции, Израиле. С этой постановки Яновская начала сотрудничать с художником Сергеем Бархиным, оформлявший последующие ее спектакли. Вскоре к коллективу присоединился режиссёр Кама Гинкас, поставивший "Записки из подполья" (1988), "Играем "Преступление"" (1991), "Казнь декабристов" (1995), "Пушкин. Дуэль. Смерть" (1999) и другие.
В 2011 году было объявлено о реконструкции здания МТЮЗа. Планировалось отремонтировать существующий зал на 600 мест и сделать дополнительный на 230. В этом же году МТЮЗ показал спектакль "Шуты Шекспировы" по произведениям Уильяма Шекспира.
В ноябре 2013-го Кама Гинкас представил премьеру спектакля "Леди Макбет нашего уезда" с Елизаветой Боярской в главной роли, эта постановка в 2014 году стала лауреатом премии Станиславского в номинации "Событие сезона". В 2015 году на сцене МТЮЗа прошел пятнадцатый марафон спектаклей Театра Романа Виктюка, где показали "Служанку", "Федра", "Венецианку" и другие постановки. На фестивале "Сезон Станиславского" 2016 года в Москве ТЮЗ представил спектакль "По дороге в …". В 2017-м состоялась премьера "Всё кончено" по пьесе Эдварда Олби и спектакля "Ревизор" режиссёра Александра Нестерова.
