Известен по письменным источникам с 1317 года. Основная часть современного архитектурного комплекса монастыря сооружена в 17-18 вв.
Первые упоминания — в письменных источниках с 1317 года, но предание приписывает основание монастыря митрополиту Киевскому и всея Руси Петру, который перенёс свою кафедру из Владимира в Москву. Ктиторами монастыря в различное время были: князья Дмитрий Донской, Василий III, царь Алексей Михайлович Романов, император Пётр I.
В 1918 году был закрыт большевиками. Продолжали действовать храмы. Осенью 1923 года здесь возникла одна из крупнейших подпольных монашеских общин в СССР во главе с епископом Варфоломеем (Ремовым), который пригласил сюда для служения в монастырских храмах часть братии закрытой в начале того же года Смоленско-Зосимовой пустыни Бывший монастырь оставался центром общины до июня 1929 года, когда был закрыт последний — Боголюбский — храм монастыря
В 1992 году в настоятельском корпусе разместился Отдел религиозного образования и катехизации Московского Патриархата; богослужения были возобновлены в трапезном храме преподобного Сергия Радонежского. Монастырь получил статус Патриаршего подворья. Первый настоятель архимандрит Иоанн (Экономцев).
Решением Священного синода от 10 октября 2009 г. по прошению епископа Зарайского Меркурия (Иванова) было принято решение о возрождении монашеской жизни в Высоко-Петровском монастыре. Наместником монастыря назначен епископ Меркурий.
В храме преподобного Сергия Радонежского находится главная святыня обители — часть мощей святителя Петра, митрополита Киевского, Московского и всея Руси чудотворца.